RSS

Bioenergetik mikroba

27 Mar

Pendahuluan 

       Bioenergetik mikroba mempelajari pembentukam dan penggunaan energi oleh mikroba. Mikroba melakukan proses metabolisme yang merupakan serangkaian reaksi kimia yang luar biasa banyaknya. Proses ini terdiri atas katabolisme yang merupakan proses perombakkan bahan disertai pembebasan energi (reaksi eksergonik), dan anabolisme yaitu merupakan proses biosintesis yang memerlukan energi (reaksi endergonik).

ATP sebagai molekul bernergi tinggi : energi seluler. Struktur ATP ATP dihasilkan dari nukleotida adenosin monofosfat (AMP) atau asam adenilik dengan penambahan 2 gugus fosfat terikat sebagai ikatan pirofosfat (~P). Dua Ikatan ini  kaya energi sehingga apabila dihidrolisis menghasilkan energi resonansi yang besar. ATP bekerja sebagai koenzim  dalam reaksi energetik (membutuhkan energi) dimana satu atau kedua gugus fosfat terminal dilepas dari molekul ATP dan energi ikatan yang dilepas digunakan memindahkan bagian dari molekul untuk mengaktifkan perannya dalam metabolisme. Sebagai contoh Glukoa + ATP  ð Glukosa-P + ADP atau Asam amino + ATP ð AMP-asamamino+PPi.

Struktur NAD  Nikotinamida adenin dinucleotida tersusun atas 2 molekul nukleotida : Adenosin monofosfat (Adenin + ribosa-fosfat) dan nikotidamida ribotida (nukotidamida +ribosa-fosfat). NADP memiliki struktur identik kecuali NADP mengandung tambahan gugus fosfat yang terikat pada satu residu ribosa. Bentuk Oksidasi dan reduksi dari nikotidamida NAD. Nikotidamida adalah bagian aktif dari molekul dimana reaksi reversibel oksidasi reduksi berlangsung dan memiliki muatan positif pada atom nitrogen yang memungkinkan menerima elektron kedua saat reduksi. Penulisan yang benar reaksi ini adalah : NAD+ + 2H ð NADH + H+. Atau juga dapat ditulis NAD dan NADH2.

A. Biooksidasi dan Pemindahan energi 

       Energi yang berasal dari cahaya harus diubah menjadi energi kimia sebelum digunakan dalam reaksi endergonik. Dalam sel, energi kimia terdapat dalam bentuk gugus organik berenergi tinggi. Gugus ini mengandung S atau P. Adenosin trifosfat (ATP) salah satu gugus berenergi tinggi yang terpenting. Bila kedua gugus fosfatnya dihidrolisis masing-masing menghasilkan 12000 kal/fosfat, sedang fosfat yang ketiga hanya menghasilkan 1500 kal. Energi yang dibebaskan ATP tergantung pada keadaan hidrolisisnya, terutama pH dan kadar reaktan. Meskipun ATP mengandung 2 fosfat berenergi tinggi, dalam reaksi umumnya hanya satu fosfat berenergi tinggi digunakan untuk aktivasi.  Oksidasi dalam sel dikatalisis oleh enzim yang mempunyai kofaktor atau gugus prostetis penerima proton atau elektron dari substrat dan memberikannya kepada aseptor lewat perantara yang mempunyai potensial redoks (Eo’) lebih tinggi dari pada donornya. Pembawa elektron yang terpenting adalah NAD, FMN, dan sitokrom.  1. Nikotinamid adenin dinukleotid (NAD). NAD berfungsi menerima hidrogen dari substrat yang direduksi  2. Flavin adenin mononukleotida (FMN) dan flavin adenin dinukleotida (FAD). Senyawa ini menerima hidrogen dari NADH2 atau langsung dari substrat.  3. Sitokrom (Cyt a, b, c)  Setiap sitokrom mempunyai Eo’ yang berbeda-beda, tetapi semuanya mengandung haem sebagai gugus prostetisnya dengan Fe sebagai aseptor elektron. Oksigen bereaksi dengan elektron menjadi ion O- dan dengan ion H+ membentuk H2O.  Gambar berikut menunjukkan reaksi oksidasi substrat lewat sistem transpor elektron, dengan nilai Eo’ masing-masing pembawa dan tempat reaksi pembentukan ATP.  Hubungan antara perubahan energi bebas dengan perubahan perbedaan energi potensial yang terjadi bila elektron lewat suatu sistem sbb: 

Fo = -nFUEo Fo = perubahan energi bebas (kal/mol) pada keadaan standar 

n = jumlah elektron yang lewat 

Eo = perbedaan potensial (volt) 

F = konstanta Farady (23.063 kal/volt equvalen) 

Untuk sistem biologi, n biasanya 2 dan Fo diganti F’ karena tidak pada keadaan standar, sehingga:  F’ = -46.126 x UEo’  

       Bila beda potensial suatu sistem sebelum dan sesudah oksidasi diketahui, dari persamaan diatas dapat dihitung jumlah energi yang dibebaskan selama oksidasi. Misalnya bila elektron lewat NADH2 ke O2, UEo’ = 1,14 volt, maka UF’ = -52.000 kal. Teoritis reaksi ini menghasilkan 4 fosfat berenergi tinggi. Bila reaksi ini dipelajari dengan mitokondria yang diisolasi dari mamalia, khamir dan jamur, ternyata oksidasi tersebut hanya menghasilkan 3 ATP dari setiap atom oksigen yang digunakan. Jadi efisiensinya hanya 70%.  Tabel 3.1 menunjukkan Eo beberapa sistem oksidasi reduksi biologi yang terpenting. Disini ditunjukkan energi terhitung yang dibebaskan bila elektron dari substrat pada Eo’ dari ketoglutarat lewat NAD dan sistem sitokrom ke oksigen. Ditunjukkan pula jumlah P yang dibentuk dalam mitokondria selama oksidasi. Terlihat bahwa tidak semua energi yang dibebaskan diubah menjadi gugus fosfat berenergi tinggi. Sebagian energi diubah menjadi panas. Tidak semua mikrobia mempunyai enzim transpor elektron lengkap.  Lactobacillus dan Clostridium tidak mempunyai sitokrom meskipun mempunyai enzim dengan piridin nukleotida dan gugus prostetis flavo protein.

       Lactobacillus mempunyai flavoprotein-oksidase yang dapat menggunakan O2 sebagai aseptor elektron terakhir; tetapi dengan adanya O2, dibentuk H2O2 bukan H2O. Beberapa spesies Streptococcus, Acetobacter, dan khamir mempunyai enzim peroksidase (katalase) yang mereoksidasi substrat tereduksi (misalnya Cyt C tereduksi, atau NAD tereduksi) dengan adanya peroksidase dan ion H+. Hasil reaksinya substrat yang teroksidasi dan air. Suatu reaksi oksidasi-reduksi disebut fermentasi (respirasi anaerob) apabila sebagai aseptor elektron yang terakhir bukan oksigen, dan disebut respirasi (respirasi aerob) apabila aseptor elektron terakhirnya oksigen. Pada respirasi anaerob sebagai aseptor elektronnya dapat digunakan zat anorganik seperti NO3 – yang direduksi menjadi NO2 -, N2O, N2; SO4 = menjadi H2S; CO2 menjadi CH4. Sebagai aseptor dapat pula digunakan zat organik, seperti asam fumarat yang direduksi manjadi asam suksinat.Mikroba anaerob dan anaerob fakultatif yang ditumbuhkan secara anaerob mempunyai cara lain mereoksidasi pembawa hidrogen yang tereduksi. Hal ini sering dilakukan dengan mengimbangi reaksi oksidasi substrat dengan reaksi reduksi lain, sehingga terakumulasi hasil akhir yang tereduksi. Misalnya Lactobacillus dalam glikolisis mereduksi asam piruvat menjadi asam laktat.

        Beberapa Clostridium secara anaerob memfermentasi glukosa mereoksidasi pembawa hidrogen yang tereduksi dengan reduksi aseto-asetat (sebagai kompleks koenzim A) menjadi asam butirat dan butanol.  Khamir mereduksi asetaldehid menjadi alkohol. Beberapa bakteri enterik mereduksi asam dikarboksilat, oksalat, malat, dan fumarat menjadi suksinat; sedang aseton direduksi menjadi 2,3 butylene-glycol agar dapat mengoksidasi flavin dan nikotinamid yang tereduksi. Beberapa spesies Pseudomonas dan Thiobacillus dapat menggunakan nitrat sebagai aseptor elektron; mereduksi nitrat menjadi gas N2. Banyak spesies bakteri dan jamur dapat mereduksi nitrat menjadi nitrit. Beberapa bakteri dapat mereduksi sulfat menjadi sulfit sebagai sarana untuk mereoksidasi pembawa hidrogen.  Jadi mikrobia terutama bakteri dapat mereoksidasi pembawa hidrogen tanpa adanya oksigen. Beberapa diantaranya telah dimanfaatkan secara komersial, misalnya untuk fermentasi asam laktat dan alkohol. Pembentukan ATP pada reaksi fosforilasi terhadap ADP pada prinsipnya ada tiga tingkat, yaitu:

(1) fosforilasi pada tingkat substrat (fermentatif),

(2) fosforilasi tingkat transpor elektron (oksidatif pada respirasi), dan

(3) fosforilasi fotosintetik.

B. Fermentasi 

          Glukosa dapat dimetabolisme oleh hampir semua mikroba untuk sumber karbon dan energi. Fermentasi merupakan bagian perombakan gula secara anaerob. Banyak mikroba yang dapat melakukan fermentasi lewat (jalur) rangkaian reaksi kimia tertentu.

1. Jalur Emden-Meyerhof-Parnas (EMP) 

        Reaksi ini disebut glikolisis, pemecahan gula secara anaerob sampai asam piruvat yang dilakukan oleh kebanyakan mikroba dari tingkat tinggi hingga tingkat rendah. Reaksi glikolisis terjadi dalam sitoplasma dan tidak menggunakan oksigen sebagai aseptor elektronnya, melainkan zat lain. Asam piruvat mempunyai kedudukan yang penting karena merupakan titik pusat dari berbagai reaksi pemecahan maupun pembentukan. Mikroba yang fakultatif anaerob misalnya Saccharomyces cerevisiae melakukan fermentasi gula secara anaerob menjadi alkohol dan CO2. Lactobacillus spp. yang homo fermentatif merombak gula secara anaerob menjadi asam laktat. Mikroba yang obligat anaerob seperti Clostridium spp. memecah gula menjadi aseton, butanol, butirat, dsb. Mikroba aerob melakukan proses glikolisis sebagai bagian pertama dari pemecahan karbohidrat secara anaerob, yang akan diteruskan pada bagian kedua yang aerob.  Pada otot manusia dan binatang yang kurang gerak akan tertimbun asam laktat, sebab glikolisis tidak diteruskan ke tingkat aerob melainkan ke asam laktat. Mikroba yang melakukan fermentasi lewat glikolisis hanya menghasilkan 2 mol ATP dari setiap glukosa yang dimetabolisme.  Substrat yang dioksidasi menjadi senyawa intermediet (antara); umumnya adalah pembawa NAD. Beberapa energi yang dilepaskan melalui oksidasi dikonversi menjadi ATP melalui fosforilasi tingkat substrat. Akhirnya oksidasi senyawa intermediet mereduksi produk akhir. Pada fermentasi asam laktat oleh Lactobacillus, substrat (glukosa) dioksidasi menjadi piruvat, dan piruvat direduksi menjadi asam laktat.

2. Jalur Entner-Doudoroff (ED)

        Reaksi ini dilakukan oleh beberapa mikroba antara lain Pseudomonas spp. yang dapat membentuk alkohol dari gula lewat lintasan ini. Pada setiap pemecahan 1 mol glukosa dihasilkan juga 1 ATP, 1 NADH2 dan 1 NADPH2. Pada P. lindneri 2 asam piruvat dipecah menjadi 2 etanol dan 2 CO2; sedang pada Pseudomonas yang lain 2 asam piruvat diubah menjadi 1 etanol, 1 asam laktat dan 1 CO2.

3. Jalur Heksosa Mono Fosfat (HMP) 

Selain lewat EMP banyak mikroba yang dapat merombak gula lewat HMP. Reaksi ini berguna untuk membentuk gula pentosa dll, untuk keperluan biosintesis. Reaksi berlangsung lewat gula C5, ribulosa 5-fosfat, yang merupakan prekursor gula ribosa, deoksiribosa, komponen asam nukleat, asam amino aromatik, enzim, ATP, NAD, FAD dan sebagainya. HMP tidak langsung menghasilkan energi, tetapi terutama membentuk NADPH2.  

4. Jalur Heterofermentatif bakteri asam laktat 

      Kelompok bakteri asam laktat selain menghasilkan asam laktat secara homofermentatif (misalnya Lactobacillus spp.), juga secara heterofermentatif (misalnya Leuconostoc spp., Streptococcus spp., dsb). Pada fermentasi secara heterofermentatif selain asam laktat dihasilkan pula asam asetat, etanol dan CO2. 

  5. Jalur Metabolisme asam piruvat secara anaerob 

     Banyak mikroba anaerob yang mempunyai enzim berbeda-beda yang digunakan dalam perombakan asam piruvat. Clostridium tergantung spesiesnya, dapat merubah asam piruvat menjadi asam butirat, asam asetat, aseton, butanol, etanol, CO2, dan H2. Bakteri enterik seperti Escherichia coli dan Aerobacter aerogenes dapat merubah asam piruvat menjadi asam suksinat, asetat, laktat, etanol, CO2, dan H2 (atau format). A. aerogenes juga menghasilkan 2,3-butilen-glikol. Salmonella sp. mempunyai pola metabolisme yang sama dengan E. coli, tetapi lebih banyak menghasilkan asam format, dari pada H2 dan CO2 seperti pada E. coli. 

C. RESPIRASI 

        Respirasi adalah proses oksidasi biologis dengan O2 sebagai aseptor elektronnya yang terakhir. Pada mikroba eukariotik proses ini terjadi di dalam mitokondria, sedang pada mikroba prokariotik terjadi di bawah membran plasma atau pada mesosome. Proses ini adalah fase kedua yang aerob dari perombakan gula fase pertama yang anaerob (glikolisis). Pada respirasi dihasilkan banyak energi yang dapat digunakan untuk proses biosintesis. Reaksi ini lewat bagan terutama siklus Krebs, meskipun ada yang lewat terobosan asam glioksilat. 

1. Siklus Krebs (Siklus TCA) 

      Reaksi ini selain penting untuk pembentukan energi juga penting untuk biosintesis, sebab dapat menyediakan kerangka karbon untuk berbagai senyawa penting dalam sel. Pada kebanyakan bakteri, asam glutamat adalah asam amino kunci yang dibentuk dari sumber amonia dan karbon. Banyak pula bakteri yang dapat mereaksikan amonia dengan asam fumarat membentuk aspartat. Dengan transaminasi asam amino ini berfungsi sebagai donor amino terhadap asam alfa-keto seperti asam piruvat, oksalat, alfa-keto-isovalerat untuk membentuk asam amino. Titik penting lainnya ialah suksinil-ScoA yang bereaksi dengan asam pirol, membentuk cincin pirol. Siklus Krebs sering pula disebut siklus asam tribakboksilat (siklus TCA), atau siklus asam sitrat.   Jalur metabolisme utama  Pada siklus Krebs satu molekul asam piruvat yang dioksidasi sempurna menjadi CO2 dan H2O menghasilkan 15 ATP. Satu molekul glukosa yang dimetabolisme lewat glikolisis dan siklus Krebs secara sempurna menjadi CO2 dan H2O menghasilkan 38 ATP (lihat perhitungan). 

2. Siklus asam glioksilat 

      Penggunaan hasil antara untuk biosintesis Bakteri dan jamur tertentu dapat menggunakan substrat karbon C2. Mikroba ini mempunyai enzim lengkap dari siklus Krebs dengan tambahan enzim isositrase yang dapat memecah isositrat menjadi suksinat dan glioksilat, dan enzim malat sintetase yang menyebabkan kondensasi asam glioksilat dengan Ace-CoA menjadi malat.  Dengan kedua siklus ini sel dapat membentuk alfa-ketoglutarat yang diperlukan untuk biosintesis. Dan jika asam malat mengalami dekarboksilasi menjadi fosfo-enol-piruvat, dengan reaksi balik glikolisis dan HMP dapat dibentuk heksosa dan pentosa.

D. FOTOSINTESIS 

       Fosforilasi pada fotosintesis menggunakan cahaya sebagai sumber energi. Proses ini menggunakan pigmen klorofil untuk mengabsorpsi energi cahaya dan mengubahnya menjadi energi kimia. Berdasarkan absorpsi spektrumnya dibedakan klorofil a, b, c, d, e, dan klorofil bakteri. Disamping itu ada pigmen tambahan untuk menangkap energi dan melindungi klorofil, seperti karotinoid, biliprotein, fikoeritrin, dan fikobilin. 

Energi foton cahaya:                                                                                                                                                                                                                                       

 c 

E = h = h 

h = konstanta Plank = 6,555 x 10-23 

V = frekuensi cahaya 

c = kecepatan cahaya 

W = panjang gelombang cahaya  

jadi energi cahaya sebanding dengan frekuensinya dan berbanding terbalik dengan panjang gelombang. Energi macam-macam cahaya dapat dilihat pada tabel.  Jika klorofil terkena cahaya, akan mengabsorpsi sebesar h sehingga terangsang dan membebaskan elektron; klorofil menjadi bermuatan positif:  Kl + hV  Kl- + e- 

Aliran elektron siklik pada bakteri fotosintetik anoksigenik. Karatenoid dan klorodil sebagai pusat reaksi memanen foton. Molekul klorofil bakteri akan secara langsung dioksidasi oleh kehilangan elektron. Energi cahaya digunakan untuk mendorong elektron pada senyawa yang memiliki redoks intermediet yaitu feredoksin (atau ada yang berupa protein besi sulfur) yang dapat memasukkan elektron pada sistem transpor elektron fotosintetik pada membran.  Sitokrom terkakhir pada ETS mengembalikan elektron pada klorofil. Energi cahaya (Foton) menyebabkan elektron mengaktifkan siklus dimana ATP disintesis (Skema fotosistem I). Bakteri fotosintesis hanya menggunakan fotosistem I untuk mengkonversi energi cahaya menjadi energi kimia. Pada bakteri, fotofosforilasi terjadi secara siklis. Artinya tidak menggunakan elektron dari sumber lain. Cahaya yang digunakan adalah merah atau infra merah (lihat bagan). Pada tumbuhan dan ganggang fotofosforilasi terjadi secara non-siklis. Disini ada 2 pusat reaksi dan 2 sistem transpor elektron. Pusat reaksi 1 menggunakan cahaya infra merah dan pusat reaksi 2 cahaya biru. 

E. PENGGUNAAN ENERGI OLEH MIKROBA 

       Energi digunakan dalam setiap reaksi endergonik, dan juga reaksi eksergonik. Untuk memulai reaksi diperlukan energi aktivasi. Dalam setiap reaksi enzim mempunyai peranan penting. Proses yang memerlukan energi antara lain proses biosintesis molekul kecil dan molekul makro, yang akhirnya menuju ke pertumbuhan dan pembiakan; penyerapan unsur makanan, gerak, dan sebagainya. 

F. KATABOLISME MAKROMOLEKUL 

1. Penguraian karbohidrat 

       Karbohidrat adalah polisakarida, suatu polimer dari sedehana (glukosa, galaktosa, fruktosa, dsb). Enzim pemecah polisakarida dibedakan menjadi eksohidrolase yang memutus rantaian gula secara teratur dari ujung, dan endohidrolase yang memutus rantaian gula secara random di tengah. Sebagai contoh misalnya alfa-amilase (eksohidrolase) memutus rantaian glukosa dari amilum dua-dua mulai dari ujung non reduksi, sedang betaamilase memutus rantaian glukosa di sembarang tempat di tengah-tengah. Kedua enzim ini memutus ikatan alfa-1,4-glikosida dari amilum. Enzim yang memutus rantai cabang glukosa dari amilo-pektin, komponen amilum yang bercabang, ialah glukoamilase yang memecah alfa-1,6-glikosoda.  

2. Penguraian lemak 

      Lemak adalah ester dari gliserol dan asam lemak (trigliserida). Lemak kadang-kadang mengandung zat lain seperti fosfat, protein, karbohidrat sebagai pengganti salah satu asam lemaknya. Enzim lipase memecah lemak menjadi gliserol dan asam lemak. Gliserol dirombak lebih lanjut lewat glikolisis (EMP). Asam lemak mengalami betaoksidasi menjadi asam asetat, asetil KoA dimetabolisme lebih lanjut lewat siklus Krebs. 

3. Penguraian protein 

Protein adalah poli-peptida dengan struktur tertentu, suatu hetero-polimer dari asam amino. Enzim protease (poli-peptidase, oligo-peptidase, di-peptidase) merombak protein menjadi peptida yang lebih sederhana atau asam amino. Selanjutnya asam amino mengalami transaminasi, deaminasi, dekarboksilasi, atau dehidrogenasi menjadi  zat lain yang lebih sederhana yang selanjutnya dapat dimetabolisme antara lain lewat siklus Krebs.  

4. Penguraian asam nukleat 

Asam nukleat (DNA dan RNA) adalah heteropolimer dari nukleotida. Enzim nuklease, nukleotidase, nukleosida fosforilase, dan nukleosida hidrolase akan memecah asam nukleat menjadi oligo, di, atau mono nukleotida; dan selanjutnya menjadi gula ribosa atau deoksi-ribosa, asam fosfat, base purin dan base pirimidin.

Special thank’s to : Yermia S. Mokosuli, S.Si, M.Si & Drs.H.M. Sumampouw, M.Pd sebagai dosen dan pemberi materi

Presented by : Raldo Rasuh

 
Leave a comment

Posted by on March 27, 2013 in Uncategorized

 

Leave a Reply

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out / Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out / Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out / Change )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out / Change )

Connecting to %s

 
%d bloggers like this: